理事長先生だけでなく運営に携わるご家族へも役員報酬を支給しやすくなります。所得を分散させることで、先生ご家族全体での節税が可能です。もちろん給与所得控除も適用されます。
また、法人では生命保険料を損金に計上することも可能です。

法人化すると、個人の家計と経営がはっきり分離され、経営や資金繰りの計画が立てやすくなります。
また、毎月の社会保険診療報酬からの源泉徴収がなくなり、資金繰りが容易になります。

分院を開設したり、介護や福祉などの医療に付随する分野へも事業を展開することができます。

法人では理事長先生の引退時に退職金を支払い、損金とすることができます。受け取った退職金は理事長先生の所得になりますが、通常の役員報酬とは別に退職所得控除を大きく取ることができますので、かなりの節税効果が期待できます。

個人医院を事業承継する場合、相続税のご負担が非常に重くなってしまうことが多くあります。医療法人では、財産を基金等で拠出して頂く事が一般的ですので、少ない税金で事業を引継いで頂くことが可能です。

将来後継者がいない場合でも、閉院せず他の医師に譲渡するといった選択が可能になります。

個人では、事業に関係する交際費は全額損金となりますが、法人では一部が損金になりません。但し出資金1億円未満の法人では、年800万円までは全額損金算入が認められます。

法人化後は社会保険に強制加入となります。労使折半のため個人医院で加入されていない場合には負担が増加します。
なお、ご希望される場合は医師国保の継続が可能です。ただし、法人化後の加入はできませんので、法人化前の検討と手続きが必要です。

個人の給与収入と法人の資金をしっかり分けて管理する必要があります。

医療法人設立後も理事会の議事録の作成や毎期の決算終了後に届出、総資産の変更登記などの提出が必要とされ、繁雑な事務負担が増加します。